ภาษีเงินได้นิติบุคคลคำนวณจากเงินได้ที่ใช้เป็นหลักฐานในการคำนวณภาษีคูณด้วยอัตราภาษีที่กำหนด ดังนั้นเงินที่ได้ที่ต้องเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลหรือฐานภาษีเงินได้นิติบุคคลนั้น โดยทั่วไปได้แก่กำไรสุทธิที่คำนวณตามเงื่อนไขที่กำหนด แต่เพื่อความเป็นธรรมและอุดช่องว่างในการจัดเก็บภาษีเงินได้ จึงได้มีการบัญญัติจัดเก็บภาษีเงินได้นิติบุคคลจากเงินได้หรือฐานภาษีที่แตกต่างกันดังนี้
- กำไรสุทธิ
- ยอดรายรับก่อนหักรายจ่าย
- เงินได้ที่จ่ายจากหรือในประเทศไทย
- การจำหน่ายเงินกำไรออกไปจากประเทศไทย
ในการเสียภาษีเงินได้นิติบุคคลโดยทั่วไปแล้วฐานภาษีจะคำนวณจากกำไรสุทธิ ซึ่งเกิดจากการนำรายได้หักออกจากค่าใช้จ่ายในแต่ละรอบระยะเวลาบัญชีสิ่งที่ควรจะคำนึงถึงก็คือการเลือกรายได้และค่าใช้จ่ายที่ใช้ในการคำนวณฐานภาษีเงินได้นิติบุคคล เช่น การให้เงินกู้แก่กรรมการโดยไม่คิดดอกเบี้ยซึ่งอาจจะทำให้เจ้าพนักงานประเมินมีอำนาจประเมินเป็นรายได้เพื่อคำนวณภาษีเงินได้นิติบุคคล การจ่ายค่าใช้จ่ายควรจะมีหลักฐานที่พิสูจน์ได้ว่าใครเป็นผู้รับ